Di SMA Budi Utomo, laboratorium IPA merupakan salah satu fasilitas penting di sekolah yang digunakan siswa-siswi sebagai tempat praktikum dan eksperimen dalam pembelajaran sains. Laboratorium ini dirancang untuk mendukung pembelajaran berbasis praktik agar siswa-siswi dapat memahami konsep-konsep ilmiah secara langsung melalui pengamatan, percobaan, dan analisis. Laboratorium IPA dilengkapi dengan berbagai peralatan seperti mikroskop, tabung reaksi, gelas ukur, termometer, timbangan digital, dan alat peraga lainnya. Selain itu, tersedia juga bahan-bahan kimia yang digunakan sesuai dengan standar keselamatan dan pengawasan guru. Ruang laboratorium didesain aman dan nyaman dengan sistem ventilasi yang baik, tempat pencucian alat, serta lemari penyimpanan bahan kimia. Melalui kegiatan di laboratorium, siswa diharapkan dapat meningkatkan keterampilan berpikir kritis, kemampuan mengamati, serta keterampilan ilmiah lainnya yang penting dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.